南區水質凈化廠二期(以下簡稱“南區廠”)由珠海市橫琴粵澳深度合作區以BOT的形式授權珠海水務環境控股集團有限公司投資建設，廠區位于洪灣工業園洪興八路6號。南區廠二期主要服務于橫琴粵澳深度合作區，設計處理規模為4萬噸/天，服務面積為33平方公里，服務人口約12萬。工程占地面積約1.9萬平方米，采用“粗格柵--曝氣沉砂池--ZT廊道交替池--二級提升泵房--孔板格柵--磁混凝沉淀池--轉盤濾池--UV消毒池"工藝，工程總投資約1.22億元。

南區廠于2015年8月投產。為滿足更高的水質要求，排水公司南區廠于2019年開始提標改造，提標工程于2021年1月完成環保驗收，現出水水質執行國家《城鎮污水處理廠污染物排放標準》規定的一級A標準及廣東省地方標準《水污染排放限值》第二時段一級標準的較嚴值。